GAG-DB, the New Interface of the Three-Dimensional Landscape of Glycosaminoglycans

17 December 2020
Les glycosaminoglycanes (GAG) sont des polysaccharides linéaires complexes, pour lesquels nous avons établi une base de données GAG-DB est une base de données conservée qui classifie les caractéristiques tridimensionnelles des six GAG de mammifères (sulfate de chondroïtine, sulfate de dermatane, héparine, sulfate d'héparane, hyaluronane et sulfate de kératane) et de leurs oligosaccharides complexés avec des protéines. GAG-DB offre des informations détaillées sur les GAG, leurs complexations avec leurs partenaires protéiques et caractérisation des interactions tridimensionnelles, allant des unités monosaccharidiques aux structures quaternaires. Cliquez sur le titre pour plus d'information.

Résumé:
« Glycosaminoglycans (GAGs) are complex linear polysaccharides. GAG-DB is a curated database that classifies the three-dimensional features of the six mammalian GAGs (chondroitin sulfate, dermatan sulfate, heparin, heparan sulfate, hyaluronan, and keratan sulfate) and their oligosaccharides complexed with proteins. The entries are structures of GAG and GAG-protein complexes determined by X-ray single-crystal diffraction methods, X-ray fiber diffractometry, solution NMR spectroscopy, and scattering data often associated with molecular modeling. We designed the database architecture and the navigation tools to query the database with the Protein Data Bank (PDB), UniProtKB, and GlyTouCan (universal glycan repository) identifiers. Special attention was devoted to the description of the bound glycan ligands using simple graphical representation and numerical format for cross-referencing to other databases in glycoscience and functional data. GAG-DB provides detailed information on GAGs, their bound protein ligands, and features their interactions using several open access applications. Binding covers interactions between monosaccharides and protein monosaccharide units and the evaluation of quaternary structure. GAG-DB is freely available »

L’article est disponible ici et GAG-DB est disponible gratuitement ici.